Organizacao da Estrutura do software

Gostaria de saber como organizo a estrutura do programa:
Fiz uma aplicacao para uma maquina de ensaios mecanicos e tenho duvidas quanto a organizacao do sistema. A logica esta até grande com logicas digitais PIDs etc.
obs.: Não fiz nenhum curso, estou desenvolvendo estudando apostilas.
Utilizo subvis para organizar melhor o programa?
Utilizo varias Whiles com partes do programa?
Se eu não utilizar nenhum while em meu programa e coloca lo para rodar, qual é o scan?